鸦片战争前夕，大侠黄飞鸿（王珏饰）协助钦差大人林则徐（鲍方饰）查禁鸦片。十二贝勒（熊欣欣饰）勾结烟商决定亲自来广州对付黄林二人。广东富商苏仁（吴孟达饰）的儿子苏灿（甄子丹饰）武功了得，苏灿的女友戴懿德（袁洁莹饰）刚从国外回国，遭到火莲教袭击，苏灿为救女友用巨型炮仗炸毁了太平鼓还伤及了无辜。黄飞鸿得知此事后找到苏灿理论，苏灿对黄不满矛盾由此而生。十二贝勒知道两人不和趁机挑拨，想利用苏灿对付黄飞鸿。暗恋苏仁的小姨峭牙珍（陈淑兰饰）因为误会率领众人去破坏戴懿德的妇女会，与此同时戴发现了十二贝勒的阴谋，但反被十二贝勒抓住，苏灿为救戴被十二贝勒擒住，还让苏灿染上了毒瘾。受到挑拨之后的苏灿前去行刺林则徐，与黄飞鸿发生打斗，戴懿德终于出现说明了真相，苏灿懊悔不已一蹶不振。幸亏老乞丐（关海山饰）出现帮助苏灿戒毒成功，在千军一发之际苏灿出现帮助黄飞鸿制服了十二贝勒。《黄飞鸿与苏乞儿》讲述了黄飞鸿卷入黑帮争斗中，他遇到一个聪明机智的老乞丐苏乞儿，二人成为朋友。在对付黑帮势力过程中，黄飞鸿从苏乞儿那里学到很多技巧，并看清了自己一直以来错综复杂的情感纠葛。最后两位英雄故事发生在清末民初，苏灿（周润发 饰）和万子豪（刘德华 饰）两家均以开设武馆维生，两家人相互排挤妒忌，关系千钧一发。然而，苏灿和万子豪两个小儿天真无邪，反而成为了感情十分要好的挚友。某日，两人结识了马坤（苗侨伟 饰）和萧玲（米雪 饰），苏灿和萧玲一见钟情，很快就走到了一起。 苏灿的父亲死了，苏灿被诬陷为凶手而锒铛入狱，为了救苏灿，萧玲不惜献出了自己的身体。然而，出狱后的苏灿却并没有领萧玲的情，反而指责她不知检点，水性杨花。之后，苏灿和马坤、万子豪一起来到省城开设武馆，历经艰险，饱受排挤，在盈盈（陈秀珠 饰）等一干好友的帮助下才站稳脚跟。
